از یک سو شورای نگهبان در تفسیر خود از این اصل، حق نظارتی برای دولت متصور نبود و در دیگر سو رئیس‌جمهور همچنان بر حق نظارت بر سایر قوا تأکید داشت.
چهارماه بعد از آنکه محمود احمدی‌نژاد، هیأت نظارت بر قانون اساسی را که خود حکم به انحلال آن داده بود احیا کرد، شورای نگهبان این هیأت را غیرقانونی دانست. اما احمدی‌نژاد در اسفند‌ماه سال90 با استناد به اصل113 قانون اساسی و با وجود مخالفت‌های صریح شورای نگهبان در جایگاه مفسر قانون و انتقادات روسای دو قوه مقننه و مجریه این هیأت را احیا و طی حکمی اعضای آن را منصوب کرد.
البته پس از آنکه دفتر مقام معظم رهبری، نامه رئیس هیأت عالی حل اختلاف و تنظیم روابط سه قوه درخصوص جایگاه «هیأت نظارت بر قانون اساسی در دولت» را به شورای نگهبان ارجاع داد، برای دومین‌بار نظر رسمی این شورا اینگونه اعلام شد: «رئیس‌جمهور را موظف به نظارت بر مواردی که قانون اساسی تشخیص برداشت نوع و کیفیت اعمال اختیارات و وظایفی را به‌عهده مجلس خبرگان رهبری، شورای نگهبان، مجمع تشخیص مصلحت نظام، مجلس شورای اسلامی، قوه‌قضاییه و هر مقام و دستگاه دیگری که قانون اساسی به آنها اختیارات با وظیفه‌ای محول نموده است، نمی‌دانیم و تشکیلات مرتبط با این قضیه غیرقانونی است».
این اعلام نظر صریح در حالی از سوی شورای نگهبان ارائه شده بود که دولتی‌ها برداشتی دیگرگونه از این نامه داشتند؛ چه ، محمدرضا میرتاج‌الدینی معاون رئیس‌جمهور در واکنش به‌نظر شورای نگهبان گفت: «شورای نگهبان درباره اجرای قانون اساسی و نظارت بر آن در «محدوده قوه‌مجریه» مطلبی نگفته است و عمده نظر شورای نگهبان درخصوص نظارت بر اجرای قانون اساسی «درباره سایر قوا» بوده است». اگرچه در نامه اخیر شورای نگهبان صراحتا تشکیلات مرتبط با این هیأت غیرقانونی اعلام شده بود اما میرتاج‌الدینی از تشکیل معاونت نظارت بر اجرای قانون اساسی دفاع کرده و مستند به نامه شورای نگهبان گفته است: «اینکه برخی رسانه‌ها از زبان شورای نگهبان اعلام کرده‌اند که معاونت نظارت بر اجرای قانون اساسی غیرقانونی است باید توضیح داد شورای نگهبان در مورد معاونت مطلبی نگفته و در متن تفسیر آن نامی از معاونت نیامده است».
این برداشت‌های خاص و متفاوت دولت از نظر شورای نگهبان، فضای سیاسی کشور را به سوی بررسی اصل تشکیل این هیأت در دو دولت خاتمی و احمدی‌نژاد و انگیزه این دو رئیس‌جمهور از تشکیل این هیأت برده است؛ اینکه آیا رئیس‌جمهور مسئولیتی درخصوص نظارت بر قانون اساسی دارد یا تشکیل این هیأت در دو دولت اخیر تنها با اهداف سیاسی صورت گرفته است؟
سیدمحمد هاشمی حقوق دان و عضو هیأت نظارت بر قانون اساسی در دولت خاتمی معتقد است اصل113 قانون اساسی رئیس‌جمهور را مسئول اجرای قانون و نظارت بر آن کرده است، اما این نظارت باید توسط شخص رئیس‌جمهور صورت گیرد نه توسط فرد یا گروهی به نیابت از او. وی تفسیر و ایراد شورای نگهبان را بیشتر مشتمل بر تشکیل معاونت نظارت بر اجرای قانون اساسی می‌داند و تأکید دارد که رئیس‌جمهور اگر از افراد یا هیأتی برای انجام این مسئولیت کمک می‌گیرد این افراد باید نقش مشورتی داشته باشند و تشکیل معاونتی مجزا برای این کار اقدامی خلاف قانون است و ایراد شورای نگهبان نیز متوجه همین بخش از اقدام دولت است.
اما موسی قربانی معاون تنقیح قوانین مجلس هشتم دیدگاهی متفاوت از هاشمی دارد و معتقد است: قانون هیچ وظیفه نظارتی را متوجه رئیس‌جمهور نکرده است و تشکیل این هیأت در دو دولت خاتمی و احمدی‌نژاد تنها اقدامی در جهت عملیاتی شدن اهداف برزمین مانده این دو دولت بوده است.
عباسعلی کدخدایی سخنگوی شورای نگهبان در تحلیلی جامع‌نگرتر به این موارد پرداخته است. او در گفت‌وگویی با همشهری به ابهامات پیرامون هیأت نظارت بر قانون اساسی پاسخ داده و با استناد به اصول متعدد قانون اساسی معتقد به تفکیک نظارت از اجراست و می‌گوید: در اصل113 قانون اساسی مسئولیت اجرای قانون اساسی برعهده رئیس‌جمهور گذاشته شده است و در همه ادوار مختلف اعضای شورای نگهبان معتقد بوده‌اند و هستند که از این اصل، مسئولیت نظارت بر اجرای قانون اساسی استنباط نمی‌شود.
این حقوق دان شورای نگهبان همچنین بر تفکیک مسئولیت‌های قوای مختلف تأکید کرده و گفته است در مواردی که قانون اساسی تشخیص یک موضوع و برداشت و نوع و کیفیت اعمال اختیارات را برعهده نهادی مانند خبرگان رهبری یا شورای نگهبان یا مجمع تشخیص مصلحت قرار داده و برای دستگاه‌های دیگر وظیفه و اختیاری قرار نداده است، مسئولیت اجرا شامل آن موارد نخواهد شد. یعنی در اینجا یک تفکیک مصداقی صورت گرفته است. وی تاسیس تشکیلاتی مجزا برای این منظور را نیز رد کرده و می‌گوید: رئیس‌جمهور به موجب اصل113، مسئولیت نظارت بر اجرای قانون اساسی را ندارد و در مواقعی که مسئولیت نظارت ندارد طبعا نمی‌تواند در راستای اجرای این مسئولیت نداشته تشکیلاتی ایجاد کند.
